Yhteenveto
Macross Delta on asetettu vuonna 2067, kahdeksan vuotta sen jälkeen, kun Macross Frontier tapahtui Linnunradan galaksin syrjäisessä osassa nimeltä Brísingr Globular Cluster, jota vaivaa Var-oireyhtymä, salaperäinen ilmiö, joka muuttaa ihmiset ahdistuneeksi ilman mitään näkyvää syy. Joukkue lahjakkaita epäjumalia, Walkure, käyttää kappaleidensa voimaa rauhoittamaan Var-oireyhtymän tartunnan saaneita henkilöitä, jota avustaa kokenut Valkyrie-lentäjien joukkue Delta Flight. Samaan aikaan he kohtaavat Windermereen kuningaskunnan ilmaritareiden puuttumisen, joka löysi tavan hyödyntää infektiota heidän hyväkseen osana suunnitelmiaan aloittaa sota Uudelle Yhdistyneelle hallitukselle klusterin hallitsemiseksi.